Το Πειραματικό Γενικό Λύκειο Ρεθύμνου Πανεπιστημίου Κρήτης, ξεκινώντας από το 1999, δημιουργεί την παράδοσή του στην εκπαιδευτική κοινότητα και συμβάλλει με τους στόχους που θέτει ως θεσμός, στη διαμόρφωση μιας σχολικής κουλτούρας ανοικτής στην ανάδειξη της συλλογικότητας, ως δομικό στοιχείο της σχολικής ζωής, στην εισαγωγή της δημιουργικότητας στην καθημερινότητα της σχολικής πράξης και στην επιστημονική – παιδαγωγική καινοτομία.

Υλοποιεί  την ισότητα στην εκπαίδευση στηρίζοντας τις ανάγκες μαθητών απ’ όλο το νομό Ρεθύμνου. Ενισχύει τους μαθητές με ιδιαίτερες εκπαιδευτικές ανάγκες, επισημαίνοντας ταυτόχρονα την ανάγκη να εξελιχθούν οι ταλαντούχοι μαθητές. Απολαμβάνοντας στα ζητήματα της γενικότερης λειτουργίας της σχολικής μονάδας, κάποιο βαθμό ελευθερίας, πραγματώνει με τρόπο συστηματικό, εξειδικευμένο και μετρήσιμο, προγράμματα που ανταποκρίνονται στις απαιτήσεις όλων των μαθητών.

Με τη λειτουργία των Ομίλων το Σχολείο μας υιοθετεί τη δημιουργική παιδαγωγική, καθιστώντας την εισαγωγή της δημιουργικότητας στοιχείο καθοριστικό της μάθησης. Η λειτουργία των Ομίλων του Πειραματικού Σχολείου στοχεύει στη δημιουργία και εξασφάλιση δεσμών μεταξύ γνώσεως και κρίσεως και στην ανάδειξη των γνωστικών ικανοτήτων και δεξιοτήτων των μαθητών. Σε μια τέτοια μεταρρυθμιστική προοπτική, η καινοτομία έχει το δικό της σημαίνοντα ρόλο, καθώς οφείλει να ανταποκριθεί στις κοινωνικές, πολιτικές, οικονομικές και πολιτισμικές ανάγκες του σύγχρονου κόσμου αναδεικνύοντας το νέο αξιακό σύστημα: εργατικότητα, ευθύνη και συνέπεια, αποδοχή, σεβασμός και ανεκτικότητα, αξιοσύνη, δικαιοσύνη αξιοπρέπεια και τελικά πρόοδος.

Η επιστημονική και παιδαγωγική καινοτομία επιτυγχάνεται και με τη συνεργασία του Πειραματικού Σχολείου με το Πανεπιστήμιο Κρήτης η οποία στοχεύει στη σύνδεση της Δευτεροβάθμιας με την Τριτοβάθμια εκπαίδευση και σε προέκταση, στο ζητούμενο για πολλά χρόνια, τη σύνδεση του Σχολείου με τον ευρύτερο κοινωνικό χώρο.